1、作用不同

好氧降解，是指在有氧的條件下，利用好氧微生物將環境中有機大分子化合物分解為小分子物質的過程。

厭氧降解，是指在厭氧條件下，一些嫌氣性微生物將環境中有機大分子化合物分解為小分子物質的過程。

2、產生的反應不同

好氧降解時，微生物對多環芳烴的降解都是需要氧的參與，產生加氧酶，在加氧酶的作用下使苯環分解。

厭氧降解時，沉積物中一些微生物以硝酸鹽或硫酸鹽作為電子受體，多環芳烴可以發生無氧降解。

3、產物不同

好氧降解的真菌主要產生單加氧酶，首先進行多環芳烴的羥基化，把一個氧原子加到多環芳烴上，形成環氧化合物，接著水解生成反式二醇和酚類。

厭氧降解的微生物對多氯聯苯的厭氧脫氯有兩種方式：一種是共代謝，即微生物利用葡萄糖、乙酸等物質作為電子供體，使多氯聯苯在厭氧條件下還原脫氯。

參考資料來源：百度百科-厭氧降解

參考資料來源：百度百科-好氧降解

最大的區別就是處理環境. 厭氧生物處理就是在厭氧條件下微生物降解廢水中揮發性有機物的有機物好氧生物處理就是在有氧條件下微生物降解廢水中的有機物其次是所能處理的有機物. 厭氧生物處理處理大分子量的有機物. 主要是將大分子量的有機物分解成較小分子量的有機物并將其中一部分的有機物轉化成甲烷等可利用的能非甲烷總烴測試源好氧生物處理處理經厭氧生物處理后的廢水中分子量較小的有機物并將其分解成無機物, 分解的無機物在二沉池加入一定量的混凝劑和/或絮凝劑將其沉降與水分離從而達到廢水凈化的目的厭氧處理是利用厭氧菌的作用,去除廢水中的有機物, 通常需要時間較長. 厭氧過程可分為水解階段、酸化階段和甲烷化階段. 水解酸化的產物主要是小分子有機物 ,使廢水中溶解性有機物顯著提高, 而微生物對有機物的攝取只有溶解性的小分子物質才可直接進入細胞內, 而不溶性大分子物質首先要通過胞外酶的分解才得以進入微生物體內代謝. 例如天然膠聯劑（主要為淀粉類）, 首先被轉化為多糖,再水解為單糖. 纖維素被纖維素酶水解成纖維二糖與葡萄糖. 半纖維素被聚木糖酶等水解成低聚糖和單糖. 水解過程較緩慢,同時受多種因素的影響, 是厭氧降解的限速階段. 在酸化這一階段,上述第一階段形成的小分子化合物在發酵細菌即酸化菌的細胞內轉化為更簡單的化合物并分泌到細菌體外, 主要包括揮發性有機酸（VFA）、乳醇、醇類等,接著進一步轉化為乙酸、氫氣、碳酸等. 酸化過程是由大量發酵細菌和產乙酸菌完成的,他們絕大多數是嚴格厭氧菌, 可分解糖、氨基酸和有機酸. 好氧池的作用是讓活性污泥進行有氧呼吸,進一步把有機物分解成無機物.去除污染物的功能.運行好是要控制好含氧量及微生物的其他各需條件的最佳,這樣才能是微生物具有最大效益的進行有氧呼吸